住宅ローン控除の年末調整｜2年目の必要書類・書き方と届かない時の対処法

2年目の年末調整は、勤務先の締め切りが短くて焦りますよね。

先に結論を言います。住宅ローン控除は2年目から年末調整で受けられ、勤務先に出すのは税務署から届いた申告書と金融機関の年末残高等証明書の2つです。

借入先が調書方式に対応していれば、年末残高等証明書はいらず、申告書の1つだけになります。

書類を出し忘れたり届かなかったりすると、その年は控除が受けられないまま年末調整が終わり、自分で確定申告をしない限り戻りません。

避け方は、書類が届く10月から11月下旬の時期を知っておき、間に合わなければ翌年1月31日までに勤務先に出して計算し直してもらうことです。

この記事では、国税庁が令和8年9月と10月に更新した資料と記載例、総務省の住民税の仕組み、当社の試算で、2年目からの年末調整の手続きを整理します。

住宅ローン控除の年末調整は2年目から｜勤務先に出す書類は2つか1つ

会社員でも、住宅ローン控除の1年目は自分で確定申告をします。

2年目からは、勤務先の年末調整で住宅ローン控除を受けられます。確定申告をしなくても、控除の分は年末調整の精算で戻ります。

1年目の確定申告の書類と流れは住宅ローン控除の確定申告必要書類と年末調整書き方｜初年度1年目と2年目とe-Taxで詳しく解説しています。

借入先	勤務先に出す書類	届く先
証明書方式の金融機関	①給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書 ②住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書	①税務署 ②金融機関
調書方式の金融機関	①給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書だけ	税務署（書面か e-Tax）
両方から借りている	①申告書と、証明書方式の金融機関の②	税務署と金融機関

①の申告書は、税務署から「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」と一体になった用紙で届きます。

借入先が2つ以上ある人は、証明書方式の金融機関の年末残高等証明書を全部出します。

住宅ローン控除の1年目の確定申告をしていないと年末調整は使えない

年末調整で使う申告書は、1年目の確定申告の内容をもとに税務署が作るものです。

1年目の申告をしていない人には届きません。まだの人は、居住した年の5年後の12月31日までなら確定申告で住宅ローン控除を受けられます。

住宅ローン控除の種類は年末調整で変えられない

認定住宅等の特例とその他の控除の両方の要件を満たす人は、確定申告書に書いた方で確定します。

国税庁は、年末調整で変えることはできないと明記しています。

住宅ローン控除の書類が届く時期｜申告書は10月頃で残高証明書は11月下旬

2年目の年末調整で慌てる理由のほとんどは、書類がいつ届くかを知らないことです。

国税庁の資料にある時期を並べると次のとおりです。

書類	届く時期	送り主
証明書兼申告書（書面・証明書方式）	確定申告をした年の10月頃	税務署
年末残高等証明書	各年の11月下旬頃	金融機関
控除証明書（調書方式・電子交付）	毎年11月中旬頃（e-Taxのメッセージボックス）	税務署
控除証明書（調書方式・書面交付）	入居2年目の11月下旬頃	税務署

書面の証明書兼申告書は、2年目から最後の年まで、残りの年数分がまとめて1回で届きます。

毎年1枚ずつ使うので、使わない年の用紙も最後の年まで保管します。

住宅ローン控除の申告書は年分を確かめてから出す

束になった申告書には、それぞれ「令和○年分」と年分が印字されています。

出す年と同じ年分の用紙を使います。用紙の上の年分の欄で確かめてから書き始めます。

住宅ローン控除の申告書の書き方｜年末残高と取得対価の少ない方に0.7％

申告書の計算は、年末残高と取得対価の少ない方に0.7％を掛けるのが基本です。

国税庁の記載例をもとに、書く順番を3つに分けます。

順番	書く内容	数字の出どころ
1	新築・購入に係る住宅借入金等の年末残高	年末残高等証明書（調書方式は控除証明書か返済計画表）
2	家屋や土地の取得対価の額	1年目の確定申告の計算明細書・売買契約書
3	1と2の少ない方×居住用割合→合計×0.7％	控除限度額を上限に、100円未満を切り捨て

建売は家と土地を一緒に買うので、土地の分も借りていれば住宅と土地の2つの欄に書きます。

国税庁の記載例は新築と土地を別々に借りた場合で19万6,000円

令和8年10月13日に国税庁が更新した記載例の1つは、省エネ基準適合住宅の新築と土地を別々に借りた例です。

区分	年末残高	取得対価	少ない方
住宅	1,300万円	1,400万円	1,300万円
土地	1,500万円	1,600万円	1,500万円
合計			2,800万円

2,800万円×0.7％で、控除額は19万6,000円です。令和7年居住の省エネ基準適合住宅の上限21万円の内側に収まっています。

住宅ローン控除の限度額は入居した年で決まっている

住宅ローン控除の2年目以降の上限は、申告書に印字された「住宅の区分等」と入居した年で決まります。

入居した年	省エネ基準適合住宅の上限	ZEH水準省エネ住宅の上限
令和6・7年	21万円（借入3,000万円まで）	24.5万円（3,500万円まで）
令和8・9年	14万円（2,000万円まで）	24.5万円（3,500万円まで）

省エネ基準適合住宅で3,400万円を借りて令和7年に入居した人なら、年末残高が3,000万円以上ある間は毎年21万円が上限です。

入居した年ごとの控除額は住宅ローン控除は2026年入居でいくら？建売が14万円になる理由で解説しています。

繰上返済をしたら住宅ローン控除は実際の年末残高で書く

調書方式の控除証明書には、控除の見込額が印字されていることがあります。

繰上返済で残高が変わったら、実際の年末残高で計算し直します。繰上返済と控除の関係は住宅ローンを繰り上げ返済してはいけない大きな理由と繰り上げ返済シミュレーションも参考にしてください。

年末調整で住宅ローン控除はどう引かれるか｜所得税から引いて102.1％

年末調整では、1年分の所得税を計算し直し、源泉徴収した税との差を精算します。

国税庁が示す順番では、住宅ローン控除は所得税額から引いたあとに102.1％を掛けます。

順番	計算	中身
1	給与の合計−給与所得控除	給与所得控除後の金額
2	1−扶養控除などの所得控除	課税所得（1,000円未満切捨て）
3	2×所得税の税率	算出所得税額
4	3−住宅ローン控除	年調所得税額
5	4×102.1％	1年間に納める税額（100円未満切捨て）
6	源泉徴収した税−5	多ければ還付・少なければ徴収

102.1％は、所得税に復興特別所得税を加えるための率です。

国税庁は、令和9年分以後は防衛特別所得税も加わると案内しています。

住宅ローン控除の分は年末調整の精算で戻る

年末調整で戻るお金は、毎月の給与から余分に源泉徴収されていた分です。

源泉徴収された税がなければ、所得税からは戻りません。戻る額の目安は住宅ローン控除はいくら戻る？住宅ローン減税シミュレーションの計算と還付金の時期で計算できます。

所得税から引ききれない住宅ローン控除は住民税から引かれる

所得税より控除額が大きいと、年末調整だけでは引ききれません。

その分は、翌年度の住民税から、課税総所得金額等の5％か9万7,500円の小さい方まで引かれます。

総務省は、住民税の住宅ローン控除は市区町村への申告が不要としています。

源泉徴収票の「住宅借入金等特別控除可能額」が住民税につながる

年末調整で住宅ローン控除を引ききれないと、勤務先は源泉徴収票の「住宅借入金等特別控除可能額」の欄に記載します。

国税庁の手引きは、この欄を市区町村からのお知らせとして記載が必要な欄に挙げています。年末にもらう源泉徴収票で確かめられます。

課税総所得200万円なら住宅ローン控除21万円のうち1万円が使えない

令和7年に入居した省エネ基準適合住宅（上限21万円）で、当社が試算しました。

課税総所得金額	所得税で引ける額	住民税で引ける額	使えない額
200万円	10万2,500円	9万7,500円	1万円
300万円	20万2,500円	7,500円	0円

令和8年入居の上限14万円なら、課税総所得200万円で所得税10万2,500円と住民税3万7,500円で全部使えます。

受け皿の計算とふるさと納税との関係はふるさと納税と住宅ローン控除の併用は損する？上限の計算とワンストップ特例の注意点で解説しています。

調書方式の年末調整｜年末残高等証明書が届かないときの書き方

調書方式は、金融機関が税務署に年末残高調書を出し、税務署から年末残高の情報が届く方式です。

借入先に、マイナンバーを書いた「住宅ローン控除の適用申請書」を出していると使えます。

調書方式では、金融機関から年末残高等証明書は届きません。年末残高証明書が届かないのは正常です。

申告書の備考欄に「調書方式に対応する金融機関からの借入れ」と書く

国税庁の記載例は、調書方式の人に申告書の備考欄へ調書方式の借入れである旨を書くよう求めています。

翌年以降も同じように書きます。

住宅ローン控除証明書を書面で受け取る人は3年目から返済計画表で残高を書く

国税庁のチラシ（令和8年9月）によると、書面の控除証明書は入居2年目の11月下旬頃に2年目以降の分がまとめて届きます。

年末残高や控除見込額が印字されるのは、入居2年目の分だけです。

3年目からは、金融機関から届く住宅ローン返済計画表などを見て年末残高を自分で書きます。

受け取り方	年末残高の印字	届き方
電子交付（e-Tax）	毎年あり	毎年11月中旬頃にメッセージボックス
書面交付	入居2年目の分だけ	入居2年目の11月下旬頃に残りの年数分を一括

3年目以降も印字された証明書が欲しい人は、e-Taxで電子交付に一括で同意します。国税庁のFAQは、おおよそその年分の10月末までに手続きするよう案内しています。

電子交付なのに勤務先が紙を求めるとき

勤務先が電子の控除証明書に対応していないときは、メッセージボックスからXML形式で保存します。

それを「QRコード付証明書等作成システム」に読み込ませると、勤務先が電子に未対応でも書面で出せます。

住宅ローン控除の控除見込額が空欄になる7つのケース

国税庁のFAQ（令和8年9月17日更新）は、控除証明書に控除見込額が載らない主なケースを7つ挙げています。

	ケース
1	居住開始が令和4年以前
2	金融機関が年末残高調書を訂正して出した
3	借換えがある
4	土地だけの借入の当初借入日が居住開始の年より後
5	2つ以上の控除を受けていて居住開始が同じ年
6	複数の金融機関から調書が出て内訳が一定の組み合わせ
7	年末残高調書と確定申告の計算明細書の内容が違う

空欄のときは、返済計画表をもとに自分で計算します。借換えをした人は住宅ローンの借り換え手数料はいくら？0.5%下げても回収に11年かかる理由も参考にしてください。

調書方式に対応していない借入れがあるとき

税務署の控除証明書には、調書方式の金融機関の分しか載りません。

対応していない金融機関の分は、その金融機関の年末残高等証明書を添えて出します。

住宅ローン控除の調書方式に対応した金融機関｜関西は16機関

国税庁は、調書方式に対応した金融機関のうち、名前の公表に同意した金融機関を一覧にしています。

令和8年9月時点の一覧を当社で数えると、マイナンバーを利用する金融機関は137機関、うち関西6府県の金融機関は16機関でした。

府県	一覧に載っている金融機関（対応を始める年）
大阪	池田泉州銀行（令和7年）・永和信用金庫（令和7年）・北おおさか信用金庫（令和7年）
兵庫	尼崎信用金庫（令和6年10月〜）・但馬信用金庫・西兵庫信用金庫・播州信用金庫・兵庫信用金庫（いずれも令和7年）・姫路信用金庫（令和8年）
京都	京都中央信用金庫（令和6年4月〜）・京都信用金庫（令和7年）・京都北都信用金庫（令和8年）
滋賀	湖東信用金庫・長浜信用金庫（令和7年）
和歌山	きのくに信用金庫・紀北信用金庫（令和7年）
全国	みずほ銀行・住信SBIネット銀行（令和7年）・住宅金融支援機構（令和7年10月〜）

関西の地方銀行で一覧に載っているのは、16機関のうち池田泉州銀行の1行だけでした。

一覧に載っていないからといって、対応していないとは限りません。

国税庁も、年の途中から対応を始めた金融機関があると注記しています。契約時の書類と借入先のホームページで確かめます。

フラット35の住宅金融支援機構も住宅ローン控除の調書方式に対応した

一覧では、住宅金融支援機構の対応開始は令和7年10月からです。

フラット35で借りた人は、機構に適用申請書を出しているか確かめます。フラット35の金利の優遇はフラット35Sとは？金利A・Bプランの違いと子育てプラスの条件を解説で解説しています。

各銀行の住宅ローンの条件は池田泉州銀行の住宅ローンは審査が厳しい？団信と手続きの流れを解説、みずほ銀行の住宅ローン金利と審査は？借入時負担ゼロ型が12年で逆転する費用と団信の上乗せ、住信SBIネット銀行の住宅ローンはどうなった？2026年8月に終わった優遇も参考にしてください。

住宅ローン控除の書類が届かない・紛失した・間に合わないとき

書類のトラブルは、国税庁のQ&Aに対処が書かれています。

困りごと	対処	根拠
税務署の申告書を無くした	所轄の税務署に「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」を出して再交付	国税庁Q&A Q5
年末残高等証明書が締め切りに間に合わない	翌年1月31日までに勤務先に出して年末調整を計算し直してもらう	国税庁Q&A Q7
1月31日も過ぎた	確定申告で控除を受ける	国税庁Q&A Q7
年末調整で出し忘れた	還付申告で取り戻す（翌年1月1日から5年間）	国税庁 No.2030

翌年1月31日までなら勤務先で計算し直してもらえます。まず勤務先に相談します。

年末残高証明書が届かないときは住宅ローンの借入先に問い合わせる

証明書方式の金融機関なら、年末残高等証明書は11月下旬頃に届くのが通常の流れです。

12月に入っても届かないときは、借入先に送付の時期と送り先の住所を問い合わせます。引っ越しで住所が変わっていないかも確かめます。

住宅ローン控除の証明書が電子か書面かを忘れたとき

国税庁のFAQは、確認方法を2つ挙げています。

作成コーナーで保存したPDFの計算明細書の左下か、e-Taxの受信フォルダにある初回の申告のメッセージで、電子交付を希望したかどうかを確かめられます。

転職した年や2か所から給与がある人の住宅ローン控除の年末調整

年の途中で就職して年末まで勤めている人も、年末にいる勤務先の年末調整の対象です。

前の勤務先の給与も含めて計算するので、前の勤務先の源泉徴収票がないと年末調整ができないので、新しい勤務先に出します。

前の勤務先の源泉徴収票で確認ができないと、年末調整はできず、自分で確定申告をすることになります。

状況	住宅ローン控除の受け方
転職して年末に新しい勤務先にいる	新しい勤務先の年末調整（前職の源泉徴収票が要る）
年の途中で退職し年末に勤めていない	確定申告
2か所から給与がある	主な給与の年末調整で受け、引ききれない分は確定申告で控除できる場合がある
個人事業主・給与2,000万円超	毎年の確定申告

共働きで2人とも住宅ローン控除を受ける人はそれぞれの勤務先に出す

ペアローンや連帯債務で夫婦それぞれが確定申告をした人は、それぞれに税務署から申告書が届き、それぞれの勤務先の年末調整で受けます。

ペアローンの組み方はペアローンと連帯債務の違いは？共働きが比べる4つの基準、育休中の年の受け方は育休中でも住宅ローンは組める？審査・必要書類とペアローンの注意点も参考にしてください。

転勤で住まなくなるときは住宅ローン控除の手続きを先にする

転任の命令で家に住まなくなったあと、適用期間内に戻って再び控除を受けるには、住まなくなる日までに手続きが要ります。

転勤の前後の手続きは小学校の転校手続きの流れ｜必要書類・タイミングと引っ越し前の確認事項でまとめています。

住宅ローン控除の年末調整に関するよくある質問

住宅ローン控除は1年目から年末調整で受けられますか。

受けられません。1年目は自分で確定申告をします。2年目から年末調整で受けられます。

年末調整で勤務先に出す書類は何ですか。

税務署から届く給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書と、金融機関の年末残高等証明書です。調書方式の借入れなら年末残高等証明書はいりません。

申告書はいつ届きますか。

書面の証明書兼申告書は、確定申告をした年の10月頃に残りの年数分がまとめて届きます。調書方式の電子交付は毎年11月中旬頃にe-Taxに届きます。

年末残高等証明書が年末調整に間に合いません。

翌年1月31日までに勤務先に出せば、年末調整を計算し直してもらえます。過ぎたら確定申告で受けます。

申告書を無くしました。

住所地の税務署に交付申請書を出すと再交付を受けられます。

所得税から引ききれない分はどうなりますか。

翌年度の住民税から、課税総所得金額等の5％か9万7,500円の小さい方まで引かれます。市区町村への申告は不要です。

共働きで2人とも控除を受けています。

それぞれに申告書が届くので、それぞれの勤務先の年末調整で出します。

固定資産税の通知の時期は一戸建ての固定資産税はいくら？新築3000万の建売は平均年14万円で4年目に上がる、登記の費用は新築建売の登記費用はいくら？保存登記と表題登記と抵当権の登録免許税を試算で解説しています。

住宅ローン控除の年末調整は書類が届く時期を知っておく

最後にまとめます。

住宅ローン控除の年末調整は、税務署の申告書と金融機関の年末残高等証明書を、勤務先の締め切りまでに出すだけです。

年末調整は、書類が届く時期を知っておけば毎年同じ手順で終わる手続きです。初年度の確定申告は住宅ローン控除の確定申告必要書類と年末調整書き方｜初年度1年目と2年目とe-Tax、e-Taxの入力は住宅ローン控除の確定申告をe-Taxでする方法｜必要書類・入力手順と調書方式で解説しています。

当社は新築の建売を仲介手数料0円でご案内しています。買主の側に立って、住宅ローン控除の区分や上限も含めてそのままお伝えします。ご希望があれば、引渡しのときに受け取る書類のどれを控除に使うかを一緒に確かめるお手伝いもします。