住宅ローン控除の確定申告をe-Taxでする方法｜必要書類・入力手順と調書方式

税務署に行かずに済ませたいけれど、入力画面で迷うのは不安ですよね。

先に結論を言います。住宅ローン控除のe-Tax申告は、入居した年の12月末までにマイナポータルで事前準備をしておくと、年末残高が自動で入って一番楽になります。

借入先が調書方式に対応していれば、年末残高証明書はそもそも届きません。

準備をせずに申告の時期を迎えると、年末残高の情報が届くのを待つか、返済計画表を見ながら自分で数字を打ち込むことになります。

避け方は、引渡しを受けたら借入先が調書方式かを確かめ、年内にマイナンバーカードでe-Taxの準備を済ませておくことです。

この記事では、国税庁と大阪・名古屋の国税局の資料をもとに、e-Taxの入力の流れと計算明細書の書き方を建売の書類に当てはめて解説します。

住宅ローン控除の確定申告はe-Taxで自宅からできる｜用意するのは4つ

住宅ローン控除は、会社員でも控除を受ける最初の年だけは確定申告が必要です。

国税庁の確定申告書等作成コーナーで入力すると、控除額が自動で計算され、そのままe-Taxで送信できます。

用意するもの	中身	注意点
マイナンバーカード	e-Taxの送信とマイナポータル連携に使う	電子証明書の有効期限が切れていると使えない
パスワード2つ	署名用電子証明書（英数字6〜16文字）と利用者証明用電子証明書（数字4桁）	忘れたら市区町村の窓口で再設定する
読み取りに対応したスマホ	マイナンバーカードを読み取る	パソコンならICカードリーダライタでもよい
源泉徴収票と家の書類	入居した年分の源泉徴収票・売買契約書・登記事項証明書など	源泉徴収票は給与の情報をマイナポータル連携していれば不要

家の書類は、e-Taxで送信したあとにスマホのカメラで撮ったPDFで提出できます。

紙の原本を税務署に持って行ったり郵送したりする必要はありません。

住宅ローン控除の確定申告ができる時期｜令和8年分は2027年1月から

名古屋国税局のチラシでは、令和8年分の確定申告書は令和9年（2027年）1月から作成コーナーで作れると案内しています。

確定申告の期間は2027年2月16日から3月15日までですが、住宅ローン控除だけの申告は税金が戻る還付申告なので、期間の前から出せます。

出し忘れても、居住した年の翌年から5年間は申告できます。

2026年入居でいくら戻るかは住宅ローン控除は2026年入居でいくら？建売が14万円になる理由で、還付金の振込時期は住宅ローン控除はいくら戻る？住宅ローン減税シミュレーションの計算と還付金の時期で解説しています。

住宅ローン控除のe-Taxはマイナンバーカード方式を選ぶ｜控除証明書の届き方が変わる

e-Taxで送信する方法には、マイナンバーカード方式とID・パスワード方式の2つがあります。

住宅ローン控除なら、マイナンバーカード方式を選ぶと2年目以降の手続きまで楽になるのが大きな違いです。

マイナンバーカード方式なら控除証明書を毎年e-Taxで受け取れる

確定申告をすると、2年目以降の年末調整で使う「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」が税務署から交付されます。

国税庁のFAQによると、受け取り方で載っている中身が違います。

	e-Taxで受け取る（電子交付）	書面で受け取る
届く時期	毎年11月中旬頃	入居2年目の11月下旬頃
届き方	毎年メッセージボックスに届く	2年目以降の分をまとめて郵送
年末残高と控除見込額	毎年載る（借換えなどを除く）	入居2年目の分だけ載る
3年目以降の年末調整	証明書の数字をそのまま使える	返済計画表を見て自分で計算する

書面で受け取ると、3年目以降は年末残高を自分で調べて控除額を計算し直す手間が残ります。

ID・パスワード方式では申告のときに電子交付を選べない

国税庁のFAQは、次の場合は確定申告のときに電子交付を希望できないと書いています。

この場合でも、e-Taxで「電子交付に一括的に同意する手続き」をすれば、あとから電子交付に切り替えられます。

ただし手続きの目安は交付を受けたい年の10月末までなので、最初からマイナンバーカード方式で出すほうが確実です。

調書方式とは｜住宅ローン控除の年末残高証明書が届かない仕組み

調書方式は、金融機関が年末残高の調書を税務署に直接出す方式です。

令和4年度の税制改正で、それまでの証明書方式から切り替えが進められています。

	証明書方式（これまでの方式）	調書方式
年末残高を伝える先	金融機関から本人へ証明書を送る	金融機関から税務署へ調書を出す
年末残高証明書	届く・確定申告で添付する	届かない・添付しない
本人がすること	証明書の数字を入力する	金融機関に適用申請書を出す
年末残高の入力	手で入力する	マイナポータル連携で自動入力できる

調書方式の金融機関から借りた人は、年末残高証明書が来ないのが正しい状態です。

「証明書が届かない」と慌てる前に、借入先が調書方式かを確かめます。

調書方式を使うには住宅ローン控除の適用申請書を出す

調書方式の金融機関では、借りる人がマイナンバーなどを書いた「住宅ローン控除の適用申請書」を金融機関に出します。

書式は金融機関ごとに違い、ローンの契約のときに一緒に渡されることがあります。

国税庁のFAQは、適用申請書にマイナンバーもe-Taxの利用者識別番号も書かなかった場合、年末残高情報は連携されないとしています。

調書方式に対応した金融機関は国税庁の一覧で確かめる

国税庁は、調書方式に対応した金融機関のうち、名前の公表に同意したところを一覧にしています。

当社が2026年9月時点の一覧を数えたところ、マイナンバーを使う金融機関は137機関でした。

区分	機関の数	主な名前
一覧の合計	137機関	信用金庫108・銀行25・労働金庫2など
関西2府4県に本店がある	15機関	池田泉州銀行・京都中央信用金庫・尼崎信用金庫など
全国で扱う主な借入先	4機関	みずほ銀行・住信SBIネット銀行・PayPay銀行・住宅金融支援機構

フラット35を扱う住宅金融支援機構は、2025年10月から調書方式に対応と載っています。

ただし一覧は公表に同意した機関だけで、年の途中から対応した機関もあります。

一覧に名前がなくても対応している場合があるので、最後は借入先に「調書方式ですか」と聞いて確かめるのが確実です。

住宅ローン控除の事前準備は入居した年の12月末までに｜年末残高情報が届く日

調書方式の年末残高を自動で入れるには、申告の前にe-Taxで「情報取得を希望する」登録を済ませておきます。

国税庁のチラシとFAQでは、準備を終えた日で年末残高情報が届く日が変わります。

事前準備を終えた日	年末残高情報がメッセージボックスに届く日
入居した年の12月末まで	翌年2月9日〜2月12日の間
年明け〜2月16日	2月15日〜2月18日の間
2月17日以降	準備を終えた日から2〜5稼働日後

FAQは、11月から翌年2月中旬までは年末残高情報が格納されないとしています。

申告期限の3月15日の直前に準備すると、期限までに届かないこともあると注意書きがあります。

住宅ローン控除の事前準備の手順｜マイナアプリから4つの操作

国税庁のFAQによると、事前準備はマイナポータルの「確定申告の事前準備」ページから一続きで進められます。

順番	すること	ポイント
1	マイナアプリ（マイナポータル）にマイナンバーカードでログインする	マイナポータルの利用者登録が済んでいること
2	「証明書等を選択する」で住宅ローン控除の国税庁を選ぶ	源泉徴収票やふるさと納税も一緒に選べる
3	e-Taxのマイページで情報取得を希望する	カナ氏名を入力してカードを読み取る
4	「情報取得の希望を受け付けました」と出たら完了	2月中旬にメッセージボックスを確認する

読み取りでは、券面事項入力補助用の4桁と署名用電子証明書の6〜16文字のパスワードを入力します。

この登録はマイナンバーや氏名が変わらない限り1回だけで、源泉徴収票の連携の準備とも共通です。

引っ越しで住所が変わったら準備をやり直す

建売に引っ越して住民票を移すと、マイナンバーカードの電子証明書が失効することがあります。

FAQは、転居で電子証明書が失効したら、新しい電子証明書を取ってから事前準備をもう1回行うよう案内しています。

引越しの手続きで市区町村の窓口に行くときに、電子証明書の更新も済ませておくと二度手間になりません。

住宅ローン控除の確定申告のやり方｜作成コーナーの入力は6段階

ここからは申告の当日の操作です。

名古屋国税局と大阪国税局のチラシの手順を、当社で6段階に整理しました。

段階	すること	建売の人が気をつけること
1	国税庁の確定申告書等作成コーナーを開いて作成を始める	スマホでもパソコンでも作れる
2	提出方法でマイナンバーカード方式のe-Taxを選ぶ	控除証明書の電子交付につながる
3	マイナポータル連携で源泉徴収票と年末残高情報を取り込む	連携できない情報は手で入力する
4	給与の収入と住宅借入金等特別控除を入力する	ふるさと納税や医療費控除も同じ申告書に入れる
5	計算明細書の項目を入れて申告書を送信する	入力メモを先に作ると迷わない
6	送信後に添付書類をスマホで撮ってPDFで送る	原本の郵送は要らない

画面の名前や順番は年によって変わることがあるので、迷ったら画面の案内に沿って進めます。

年末残高情報が連携できないときは返済計画表を見て入力する

国税庁のFAQは、連携できない理由として次を挙げています。

この場合は、手元の住宅ローンの返済計画表などで確かめた12月31日の残高を入力画面に直接入力します。

ふるさと納税をしたら住宅ローン控除と一緒に申告する

名古屋国税局のチラシは、ふるさと納税や医療費控除を受ける人は住宅ローン控除と合わせて申告するよう注意しています。

確定申告をすると、ふるさと納税のワンストップ特例は使えなくなるためです。

どちらを先に使うと損が出るかはふるさと納税と住宅ローン控除の併用は損する？上限の計算とワンストップ特例の注意点で計算しています。

住宅ローン控除の計算明細書の書き方｜入力メモ11項目と建売の書類の見る場所

住宅ローン控除の確定申告で一番手が止まるのが、「住宅借入金等特別控除額の計算明細書」です。

名古屋国税局は、入力の前に作る「住宅ローン控除入力メモ」の11項目を示しています。

当社で、建売を買った人がそれぞれどの書類を見ればよいかを当てはめました。

番号	項目	建売なら見る書類
1	居住開始年月日	住民票（住民票を移した日）
2	契約日	不動産売買契約書
3	契約区分（住宅の区分）	新築の購入。土地も一緒なら「土地付きの新築住宅の購入」
4	取得対価の額（税込）	不動産売買契約書の売買代金と消費税
5	交付を受ける補助金等の額	補助金の交付決定通知書（受けたときだけ）
6	総床面積と土地の面積	登記事項証明書（小数点2位まで）
7	不動産番号	登記事項証明書（13桁）
8	自己の持分	登記事項証明書（共有名義のときだけ）
9	住宅取得等資金の贈与の特例の額	贈与税の申告書（受けたときだけ）
10	住宅借入金等の内訳・当初金額・年末残高・連帯債務	金銭消費貸借契約書と年末残高情報（または年末残高証明書）
11	控除の種類	住宅省エネルギー性能証明書・建設住宅性能評価書・検査済証など

6〜8はすべて登記事項証明書1枚に書いてある項目なので、手元にあればそのまま写せます。

不動産番号の見つけ方は不動産番号とは？13桁の調べ方と書いてある場所と地番や家屋番号との違いと住宅ローン控除で使う方法を解説で解説しています。

居住開始年月日は住民票を移した日を書く

大阪国税局のチラシは、住宅に住み始めた年月日の欄に住民票を異動した日を書くよう案内しています。

住宅ローン控除は、取得から6か月以内に住み始めて、その年の12月31日まで住み続けていることが条件です。

引渡しの日ではなく住民票の日付なので、転入届の控えを残しておきます。

住宅ローン控除が調書方式なら計算明細書の区分に1か2を書く

国税庁のQ&Aによると、計算明細書の一面の「新築、購入及び増改築等に係る住宅借入金等の年末残高」⑤欄の区分に数字を書きます。

区分に書く数字	当てはまる人	効果
1	すべての住宅ローンが調書方式	家屋の売買契約書の写しの添付を省略できる
2	一部の住宅ローンが調書方式	調書方式の分の契約書の写しを省略できる
書かない	証明書方式だけ	年末残高証明書と契約書の写しを添付する

Q&Aの表では、いわゆる建売住宅の家屋の売買契約書は添付を省略できるものに入っています。

ペアローンで夫婦の借入先が違うときは、片方だけ調書方式ということもあるので、ペアローンと連帯債務の違いは？共働きが比べる4つの基準もあわせて確かめてください。

控除の種類は証明書の等級で選ぶ

11番の控除の種類は、認定長期優良住宅・認定低炭素住宅・ZEH水準省エネ住宅・省エネ基準適合住宅から選びます。

2026年に入居した省エネ基準適合住宅は、検査済証の写しでも省エネ性能を証明できるようになりました。

区分の見分け方は省エネ基準適合住宅とZEH水準省エネ住宅の違いは？どこに書いてあるかと確認方法で、検査済証の見方は検査済証とは？ない家のリスクと義務化はいつからか建売で確かめる方法を解説で解説しています。

住宅ローン控除で迷う建売の取得対価｜消費税から建物と土地の金額を出す

建売の売買契約書は、土地と建物の代金をまとめて1つの金額で書いていることがあります。

計算明細書では住宅（建物）と土地の取得対価を分けて入力するので、分け方が分からないと手が止まります。

土地には消費税がかからないので建物の金額を逆算できる

大阪国税局のチラシは、住宅と土地の金額が分かれていない場合の計算方法を示しています。

当社で、税込4,180万円の建売で契約書の消費税が200万円の例を計算しました。

計算	金額
建物の税抜の金額（200万円÷0.1）	2,000万円
建物の税込の金額（2,000万円＋200万円）	2,200万円
土地の金額（4,180万円−2,200万円）	1,980万円

消費税の金額が契約書に書いてあれば、建物と土地は割り算と引き算で分けられます。

名古屋国税局のチラシも、取得価額と消費税が分けて書かれている場合は合計して記載するよう案内しています。

住宅ローン控除の額は年末残高と借入限度額の小さいほうで決まる

取得対価のほかに、控除の上限を決めるのは年末残高と借入限度額です。

国税庁のタックスアンサーによると、2026年入居の省エネ基準適合住宅は借入限度額2,000万円・控除は各年最大14万円です。

住宅の区分（2026年入居）	借入限度額	各年の控除の上限
認定長期優良住宅・認定低炭素住宅	4,500万円	31.5万円
ZEH水準省エネ住宅	3,500万円	24.5万円
省エネ基準適合住宅	2,000万円	14万円

年末残高が3,400万円の省エネ基準適合住宅なら、2,000万円に0.7％をかけた14万円が上限です。

子育て世帯や若者夫婦世帯に当たると、省エネ基準適合住宅は各年21万円に上がります。

住宅ローン控除の添付書類はスマホで撮って送る｜調書方式で減る書類

e-Taxで申告すると、添付書類は送信後にスマホのカメラで撮ってPDFで提出できます。

名古屋国税局のチラシをもとに、建売を買った人が出す書類を方式ごとに整理しました。

書類	証明書方式	調書方式
年末残高証明書（原本）	添付する	不要（発行されない）
家屋の売買契約書（写し）	添付する	計算明細書に区分を書けば省略できる
家屋の登記事項証明書	不動産番号の記載で代えられる	不動産番号の記載で代えられる
土地の売買契約書（写し）	土地のローンがあれば添付する	建売なら不要（新築した場合だけ添付）
土地の登記事項証明書	不動産番号の記載で代えられる	不動産番号の記載で代えられる
補助金の額を証する書類	受けたときだけ	受けたときだけ
住宅の区分の証明書	区分に応じて添付する	区分に応じて添付する

調書方式で不動産番号を書けば、撮って送る書類は住宅の区分の証明書と補助金の書類の2種類くらいまで減ります。

省略した契約書は5年間は捨てない

国税庁のQ&Aは、契約書の写しの添付を省略した場合、確定申告期限等から5年間は提出や提示を求められることがあるとしています。

引渡しのときに受け取った契約書や登記の書類は、まとめて保管しておきます。

源泉徴収票の添付が要らない理由など、書類の全体は住宅ローン控除の確定申告必要書類と年末調整書き方｜初年度1年目と2年目とe-Taxで一覧にしています。

住宅ローン控除のe-Tax申告に関するよくある質問

住宅ローン控除の年末残高証明書が届きません。

借入先が調書方式なら、年末残高証明書は発行されません。年末残高はマイナポータル連携で取り込むか、返済計画表を見て入力します。

マイナポータルに年末残高情報が出てきません。

事前準備をしてから届くまでに日数がかかります。入居した年の12月末までに準備した場合は、翌年2月9日〜12日の間に届きます。

確定申告を何年か出し忘れていました。

居住した年の翌年から5年間は申告できます。調書方式なら、最大で過去5年分の年末残高情報をまとめて取得できます。

令和8年分の住宅ローン控除はいつから申告できますか。

名古屋国税局のチラシでは、作成コーナーで2027年1月から作成できると案内しています。還付申告なので2月16日より前でも出せます。

2年目以降もe-Taxで申告が必要ですか。

会社員なら2年目以降は勤務先の年末調整で控除を受けられます。税務署から届く控除証明書を勤務先に出します。

控除証明書が年末調整に間に合いませんでした。

確定申告で控除を受けるか、翌年1月31日までに勤務先に出して年末調整の再計算を受けられます。

e-Taxの操作が分からないときはどこに聞けばよいですか。

e-Tax・作成コーナーヘルプデスク（0570-01-5901）で操作の相談ができます。申告の中身の相談は所轄の税務署です。

住宅ローン控除のe-Tax申告は準備の時期で手間が決まる

最後にまとめます。

住宅ローン控除のe-Tax申告は、入力そのものより年内の準備と書類の整理で手間が決まります。

申告の手間は、ローンを組む前に借入先が調書方式かを知っているかでも変わります。

当社は新築の建売を仲介手数料0円でご案内しています。買主の側に立って、物件の良いところも気になるところもそのままお伝えします。ご希望があれば、住宅ローンの借入先が調書方式に対応しているかの確認や、住宅ローン控除で使う書類の整理もお手伝いします。